Los fiscales consideraron que corresponde "encuadrar la actitud delictiva" de Berhongaray en una presunta violación al artículo 206 del Código Penal que contempla los delitos contra las políticas sanitarias animales.
La denuncia fue iniciada el 15 de marzo 1991 por integrantes de la Comisión de Seguridad y Control de Investigaciones Judiciales y Administrativas del Partido Justicialista, que le imputaron los delitos que ahora le reprochan los fiscales y el juez Urso.
En la presentación inicial, Roberto Ribas, María Osella Muñoz y Licino Scelzi condenaron la supuesta "desidia, inoperancia e incompetencia" del funcionario que al momento de su renuncia, el 8 de marzo del año pasado "persistía en negar la existencia de aftosa en el país".
En la denuncia se sostiene que la falta de "políticas sanitarias" llevó a una “verdadera crisis ganadera” que ocasionó pérdidas cuantiosas y de “repercusión internacional”.
Sobre el final del gobierno encabezado por el justicialista Carlos Menem, cuando el secretario de Agricultura era el actual gobernador bonaerense, Felipe Solá, la Argentina había alcanzado el status de “país libre de aftosa sin vacunación”, un privilegio que le fue quitado rápidamente, a raíz de la reaparición de casos.