Scilingo se desempeñó en la Escuela de Mecánica de la Armada durante la represión antisubversiva y, como miembro del grupo de tareas que actuó en ese centro, participó de los llamados "vuelos de la muerte", en los cuales los detenidos desaparecidos eran arrojados al mar desde aviones. El fue quien confirmó públicamente esos hechos, amparado por la ley de Obediencia Debida. En ese marco viajó a España para declarar ante Garzón, quien investiga la desaparición de ciudadanos españoles durante la dictadura.
En España permaneció detenido y actualmente goza de un régimen de libertad ambulatoria, pero recusó al juez Garzón la semana pasada por presunta enemistad manifiesta, ya que éste no lo deja regresar a la Argentina.
El fallo de la Corte (con el voto en disidencia de los ministros Carlos Fayt, Santiago Petracchi y Guillermo López) hace lugar a un recurso extraordinario interpuesto por el Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, que fundó su pedido al sostener que tanto en primera como en segunda instancia no se había escuchado su posición, respeto de los alcances que el gobierno argentino debe brindar a los ciudadanos en el extranjero. La Cancillería aseguró que luego de ser liberado, Scilingo recibió ayuda del Consulado General, de conformidad con las disposiciones del Reglamento Consular y la Ley de Servicio Exterior de la Nación.
La Corte consideró como "infundada" la decisión de la alzada de sufragar los gastos de asistencia jurídica a Scilingo, ya que éste "renunció al servicio jurídico" gratuito del Colegio de Madrid, luego de decidir "contratar profesionales de su confianza".Al respecto recalcó el máximo tribunal que "la obligación de representar a los connacionales opera cuando éstos se encuentran impedidos de defender oportunamente sus derechos e intereses".